Omdat het Prinses Margriet Fonds financiële hulp wilde bieden aan koopvaardijschippers en vissers, en hun gezinnen, die tijdens de vaarplicht op zee het leven hadden gelaten of invalide waren geraakt, was het allereerst belangrijk dat er geld bijeen gebracht werd. Geld was ook nodig voor de gezinnen van de vaarplichtigen die nog wel hun functie konden uitoefenen; zij werden namelijk door de Duitse bezetters gekort op hun inkomen omdat hun echtgenoten vanuit Duits perspectief gezien in vijandelijke dienst waren. De inkomsten kwamen in eerste instantie uit vrijwillige bijdragen en werden bijeengebracht in de zogeheten Zeemanspot.
Al tijdens de oorlog werd er vanuit Engeland hulp verleend aan gezinnen van omgekomen of invalide geraakte zeelieden. In 1943 ging het al om 40 gevallen. Direct na de bevrijding kwam het bestuur van het PMF over naar Nederland en trad de Zeemanspot in de openbaarheid. In 1945 kon de rest van het werk beginnen met een startkapitaal van 880.000 gulden. De eerste bestuursvergadering in Nederland vond plaats op 6 maart 1946. Het PMF vond eerst onderdak bij het Instituut voor Scheepvaart, daarna bij het Maritiem Centrum Westerland.
Het Prinses Margriet Fonds was een volledig particuliere en vrijwillige organisatie. Circa 3300 zeevarenden waren tijdens de Tweede Wereldoorlog omgekomen, en ongeveer de helft van de gezinnen had hulp nodig. Bovendien waren er enkele honderden invalide zeevarenden gerepatrieerd die geholpen moesten worden.
De eerste jaren kreeg de fondsenwerving vorm via onder andere het onderbrengen van soortgelijke fondsen bij het Prinses Margriet Fonds (zoals bijvoorbeeld het Fonds Omgekomen Vissers, wat in mei 1946 ten bate van het PMF kwam) en via de verkoop van allerhande attributen zoals insignes. Het bekende "Margrietspeldje" werd verkocht om geld in te zamelen, dit speldje werd ontworpen door koningin Wilhelmina zelf. Daarnaast was er samenwerking met het Nationaal Zeemansfonds. Koningin Wilhelmina had pensioenen beloofd aan de getroffenen van de vaarplicht, maar die waren er niet meteen. Voorschotten op de pensioenen werden verstrekt door Directoraat van Scheepvaart te Den Haag (de heer Ten Bosch) of indien nodig door het bestuur van het PMF, met hulp van twee administratieve krachten. Ook aanvullende steun werd door het PMF gegeven, bv. vergoeding van studiekosten. Het PMF bemoeide zich met succes met de Wet Buitengewoon Pensioen Zeelieden Oorlogsslachtoffers, die in december 1947 tot stand gebracht werd door het ministerie van Verkeer en Waterstaat. Deze pensioenen werden met terugwerkende kracht vanaf 1 januari 1946 uitbetaald. Het PMF was ook betrokken bij de Wet Invaliden-Niet Normaal Werkenden (februari 1948).
Na afloop van de oorlog bleef het PMF dus betrokken bij de hulpverlening, al was dat door betere pensioenen steeds minder nodig. Direct na de oorlog had het PMF ongeveer 10000 begunstigden waaraan in 1946 137000 gulden uitbetaald werd. In 1947 was dit nog 125000 gulden en in de jaren '70 van de twintigste eeuw was het teruggelopen tot enkele duizenden guldens per jaar.
Op 1 oktober 1956 vond een belangrijke wetswijziging plaats waarbij de uitvoering van de pensioenregeling werd overgedragen van het ministerie van Verkeer en Waterstaat aan de Buitengewone Pensioenraad in Den Haag, die later verhuisde naar Heerlen. Dit was een grote verbetering wat betreft de uitvoering van de Wbpzo.
Het PMF was betrokken bij de oprichting van koopvaardijmonument "de Boeg" in Rotterdam. Ook probeerde het Fonds ontspanning te verzorgen voor haar begunstigden zoals boottochten, feestavonden en vakantieweken, die vaak plaats vonden op landgoed De Witte Hull, wat in 1946 was aangekocht met geld uit de Zeemanspot.
De banden met het koningshuis werden goed onderhouden. Elk jaar werd op de verjaardag van Prinses Margriet (19 januari) een felicitatie telegram gestuurd. Dit gebeurde ook bij de geboorte van haar kinderen, zoals bijvoorbeeld bij de geboorte van prins Floris op 10 april 1975.
In 1976 waren de werkzaamheden zodanig teruggelopen dat het bestuur besloot tot liquidatie. Het restant van het vermogen en de lopende verplichtingen werden overgedragen aan de Stichting Bekker - La Bastide Fonds. Op 9 september 1976 vond de slotbijeenkomst plaats waarbij HKH prinses Margriet aanwezig was. Dit was tevens de 53ste vergadering van het algemeen bestuur. Op 14 januari 1976 waren er nog ruim 1500 zogenaamde Margriet-gezinnen (die onder de BPR vielen), ongeveer 30 ontvingen ook nog hulp van het PMF. Deze mensen bleven steun ontvangen maar nu via het nieuwe fonds.